期刊信息
主办:中国动物学会;中国科学院动物研究所
主管:中国科学院
ISSN:0250-3263
CN:11-1830/Q
语言:中文
周期:双月
影响因子:0.467105
数据库收录:
文摘杂志;北大核心期刊(1992版);北大核心期刊(1996版);北大核心期刊(2000版);北大核心期刊(2004版);北大核心期刊(2008版);北大核心期刊(2011版);北大核心期刊(2014版);北大核心期刊(2017版);农业与生物科学研究中心文摘;化学文摘(网络版);中国科学引文数据库(2011-2012);中国科学引文数据库(2013-2014);中国科学引文数据库(2015-2016);中国科学引文数据库(2017-2018);中国科学引文数据库(2019-2020);日本科学技术振兴机构数据库;中国科技核心期刊;期刊分类:生物学
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研究报告
成骨细胞特异因子2 基因家族的全基因组鉴定、(2)
【作者】网站采编
【关键词】
【摘要】2.2 Fasciclin 蛋白保守结构域和Motif 的分析 利用InterProScan( 斑马鱼的Fasciclin 蛋白长度566-2 025,共有24 个保守结构域;鸡的Fasciclin 蛋白长度2 044-3 652,共有20
2.2 Fasciclin 蛋白保守结构域和Motif 的分析 利用InterProScan(
斑马鱼的Fasciclin 蛋白长度566-2 025,共有24 个保守结构域;鸡的Fasciclin 蛋白长度2 044-3 652,共有20 个保守结构域;人类的Fasciclin 蛋白长度710-2 587,共有21 个保守结构域;小鼠的Fasciclin 蛋白长度271-2 062,共有19 个保守结构域;中华鳖的Fasciclin 蛋白长度924-2 608,共有19个保守结构域;黑猩猩的Fasciclin 蛋白长度686-2 677,共有20 个保守结构域;大鼠的Fasciclin 蛋白长度861-2 847,共有19 个保守结构域;非洲爪蟾的Fasciclin 蛋白长度529-1 655,共有15 个保守结构域。
利用在线软件MEME( 蛋白的Motif 结构进行分析,分析结果如图1(Logo)。结果发现Fasciclin 蛋白家族有3 个潜在的Motif,分别含有35,21 和21 个氨基酸残基,Motif 1 序列为xx[NR]GGC[SH][PE][NHL]ATCTY[TV] [GS]PG[QT]RxC[TVE]C[KQ] xG Y[VT]G[DN]IVC,Motif 2 序列为E[SK]DI[IM]ATNGV [IV]HVID[KE][VL]L[IL]P[PD],Motif 3 序 列 为[PD]GP[FY]T[VLI]F[AV]P [TS]N[ED]A[FL] E[AN][LM]PR[EG]E。Fasciclin 基因家族总共有3 个高度保守的Motif,推测可能是主要的执行功能的结构域。
图1 |Fasciclin 蛋白的Motif 结构分析Figure 1 |Motif structure analysis of Fasciclin proteins图注:此3 个图分别代表通过多序列比对获取的保守的氨基酸中Motif1,Motif2 和Motif3;纵坐标:Bits 或者氨基酸数目;单位:AA;大字母代表较高的保守性,小字母代表较低的保守性。
2.3 Fasciclin 蛋白信号肽分析 利用在线分析软件TargetP 1.1( 对Fasciclin 蛋 白的信号肽区域进行预测分析,结果显示在小鼠中有2 个信号肽,一个可能为分泌蛋白,一个可能为线粒体蛋白;在黑猩猩中有2 个信号肽,可能为分泌蛋白;大鼠有4 个信号肽,3 个可能为分泌蛋白,一个可能为线粒体蛋白;非洲爪蟾中有1 个信号肽,可能为线粒体蛋白;在斑马鱼、人和鸡中总共有8 个信号肽,可能为分泌蛋白,其他物种未知,见表4。
2.4 Fasciclin 蛋白的生化特性 利用在线分析软件Prot-Param( 对Fasciclin 蛋 白 的等电点(Theoretical pI)、理论分子量及GRAVY(Grand average of hydropathy)进行分析,结果显示Fasciclin 蛋白家族的成员为偏酸性的亲水性蛋白,且结构稳定,同时该类蛋白的长度变化较大,范围在529-2 847 个氨基酸,其理论分子质量差异较大,在 kD,见表5。
2.5 Fasciclin 蛋白序列比对和系统发育学分析 采用ClustalW对获取的Fasciclin 蛋白序列进行多序列比对,并进行保守结构域的分析。
实验截取了Fasciclin 蛋白序列多序列比对结果中的3段比较保守的序列区域进行分析,以小鼠基因MmGENSCAN 为例,3 段区域分别为:第1 段序列保守区域位于87-187 个氨基酸残基之间;第2 段序列保守区域位于285-385 个氨基酸残基之间;第2 段序列保守区域位于482-582 个氨基酸残基之间。分析发现,Ala113,Asn115,Gly116,His119 和Asn 172 在第1 段Fasciclin 蛋白质序列的多序列比对中具有较好的保守性,其中Asn115 和Gly116 是2 个氨基酸残基连续的1 个小肽段;G287,H327,L338,C362 和G375 共5 个氨基酸残基在第2 段Fasciclin 蛋白质序列的多序列比对中具有较好的保守性;而在第3 段多序列比对序列中含有Asp506 和Leu521 两个氨基端残基具有保守性,以及1 个连续的氨基酸Asn511 和Gly512 肽段具有保守性。从物种的系统发育关系分析结果显示,系统进化树可以分为4 个进化分支:Group Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,见图2。Group Ⅰ和Group Ⅱ进化分支的基因具有更强的保守性,推测可能是主要的成骨细胞特异因子;Group Ⅲ推测是两栖类、哺乳类和灵长类特有的成骨细胞特异因子;GroupⅣ也具有较好的保守性,但非洲爪蟾和小鼠在该进化分支中有2 个拷贝基因,推测这个进化分支对这2 类物种起着重要的作用。
表3 |Fasciclin 基因家族保守结构域分析统计表Table 3 |Conserved domain analysis of the Fasciclin gene family物种名称 基因名称 蛋白长度 保守结构域数目 保守结构域位点斑马鱼 DrGENSCAN 2 025 5 [308,412] [423,521] [797,945] [1 103,1 206] [1 234, 1 280]DrGENSCAN 1 008 4 [112,230] [246,367] [383,494] [508,630]DrGENSCAN 969 4 [84,203] [219,340] [355,435] [452,574]DrGENSCAN 566 4 [109,229] [245,366] [381,493] [507,554]DrGENSCAN 1 849 7 [236, 339] [363,451] [623,727] [748,864] [945,1 023] [1 036, 1 156] [1 635, 1 741]鸡GgGENSCAN 3 652 5 [ 1629,1 728] [ 1755,1 879] [2 211,2 312] [2 821,2 931] [2 957,3 086]GgGENSCAN 2 044 4 [656,738] [823,940] [955,1 067] [1 081,1 201]GgGENSCAN 2 645 7 [574,688] [695,816] [1 147,1 266] [1 267,1 435] [1 749,1 849] [1 875,2 002] [2 440,2540]GgGENSCAN 2 536 4 [1 728,1 848] [1 863,1 984] [1 998,2 111] [2 125,2 240]人类 HsGENSCAN 2 587 6 [380,486] [514,639] [996,1 116] [1 136,1 226] [1 647,1 751] [1 811,1 866]HsGENSCAN 2 347 7 [393,477] [487,589] [906,1 015] [1 016,1 122] [1 460,1 537] [1 549,1 677] [2 115,2 206]HsGENSCAN 710 4 [123,236] [252,373] [387,500] [514,634]HsGENSCAN 1 082 4 [111,228] [243,364] [378,491] [505,627]小鼠 MmGENSCAN 271 4 [461,574] [931,1 051] [1 512,1 616] [1 673,1 729]MmGENSCAN 2 062 4 [3,119] [650,757] [783, 913] [1 439,1 529]MmGENSCAN 1 067 3 [296,379] [391,509] [924,1 032]MmGENSCAN 597 4 [14,127] [143,264] [278,391] [405,525]MmGENSCAN 774 4 [107, 187] [202, 323] [337, 450] [466, 582]中华鳖 PsGENSCAN 924 4 [192,311] [328,448] [462,558] [562,680]PsGENSCAN 1 878 1 [1 743,1824]PsGENSCAN 2 608 6 [713,833] [1 240,1 349] [1 350,1 456] [1 639,1 743] [1 772,1 902] [2 397,2 522]PsGENSCAN 2 355 4 [579,645]PsGENSCAN 1 016 4 [356,431] [445,566] [580,693] [707,829]黑猩猩 PtGENSCAN 2 677 6 [470,576] [604,729] [1 086,1 206] [1 226,1 316] [1 737,1 841] [1 907,1956]PtGENSCAN 779 4 [113,199] [214,335] [349,462] [476,598]PtGENSCAN 2 343 6 [393,477] [879,988] [989,1 095] [1 456, 1 533] [1 545,1 673] [2 111,2 202]PtGENSCAN 686 4 [46,159] [175,296] [310,423] [437,542]大鼠 RnGENSCAN 2 847 5 [749,855] [874,987] [1 338,1 458] [1 916,2 020] [2 046,2 111]RnGENSCAN 2 216 6 [225,346] [352,442] [940,1 051] [1 053,1 158] [1 430,1 537] [1 563,1 693]RnGENSCAN 940 4 [113,233] [248,369] [438,521] [658,774]RnGENSCAN 861 4 [329,412] [428,549] [563,676] [690,810]非洲爪蟾 XtGENSCAN 1 655 5 [211,310] [322,419] [904,1 008] [1 034,1 165] [1 423,1 525]XtGENSCAN 834 1 [57,164]XtGENSCAN 723 4 [102,219] [236,357] [371,484] [498,618]XtGENSCAN 529 1 [6,66]XtGENSCAN 971 4 [162,280] [302,358] [372,485] [499,622]
文章来源:《动物学杂志》 网址: http://www.dwxzzzz.cn/qikandaodu/2021/0128/458.html
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